转录组测序项目通过对生物样本表达的全体转录本RNA进行序列测定，分析包括编码和非编码基因的所有转录活动，在全基因组水平对转录调控过程进行定量研究。

2009 Wang, RNA-Seq a revolutionary tool for transcriptomics

      与基因表达芯片技术相比，转录组测序除了可以提供更为精确的基因表达定量信息，更大的动态范围以外，还可以发现新的转录区域、可变剪切形式及反式剪切转录本（融合基因）。

      转录组测序提供的表达定量信息，可用于分析不同条件下基因、转录本水平的表达差异，进而结合功能基因组数据对差异表达基因进行功能注释和网络互作、代谢通路分析，为重要生物学过程的调控机制研究提供基础。

    同时，转录组测序还可用于发现转录区域的SNP和indel等多态性位点，并结合RNA定量信息分析不同等位基因的表达差异，研究遗传因素对表达调控的影响。

从收到样本到完成客户所需的分析一般需要 30 天到 60 天不等，如果客户需要订制化服务则可能需要更长的时间。

Brutnell研究组对玉米叶片不同发育阶段的四个样本以及由激光显微切割得到维管束鞘和叶肉细胞组织样本的进行转录组测序，对玉米叶片发育过程中的转录组动态进行了系统研究，描述了叶片发育过程基因表达调控规律，并对其分子机制进行了探讨。 
技术路线总结：

1．针对特定生物学过程的收集组织样本

2．对样本进行转录组测序

3．通过生物信息学分析对各阶段的基因表达水平进行定量，鉴定差异表达基因

4．分析生物学过程中不同基因的表达模式

5．对不同表达模式的基因进行进一步的功能分析，探索表达调控机制