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SNP 基因型检测- 玉米56K 芯片检测

Axiom® Maize56K SNP Array由中玉金标记(北京)生物技术股份有限公司针对国内育种研发,由Affymetrix芯片公司采用独特光蚀刻原位合成技术合成。

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技术特点

1、可检测 56000 个SNP位点;

2、标记检出率在 99% 以上;

3、基因组内标记分布均匀(图 1);

4、标记多态性好、提供标记信息丰富;

5、标记物理位置明确;

6、芯片是384制式芯片,一次实验可检测384个样品的标记信息,可实现高通量检测;

7、样品准备的操作可在Backman自动工作站上完成;杂交,洗涤,扫描等步骤可在GeneTitan上完成,实现全自动一体化工作


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技术流程

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项目周期

由于芯片是384制式的,需要满384样品才能起始实验,中玉金标记从收到样本到完成客户所需的分析需要一个月左右,如果客户需要定制化服务则可能需要更长的时间。

芯片应用

1、筛选与重要农艺性状密切相关的 SNP 标记;

2、玉米种质资源分析;

3、玉米基因组选择;

4、玉米群体遗传学研究;

5、玉米复杂性状研究及 QTL 定位;


案例分析

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参考文献

1. Martin W. Ganal et al.(2011)A Large Maize (Zea mays L.) SNP Genotyping Array: Development and Germplasm Genotyping, and Genetic Mapping to Compare with the B73 Reference Genome. Plos One 6(12):e28334

2. Zhimin L et al. (2016) Association mapping resolving the major loci Scmv2 conferring resistance to sugarcane mosaic virus in maize. Eur J Plant Pathol 

3. Gengshen C et al. (2016) Mapping of QTL conferring resistance to northern corn leaf blight using high-density SNPs in maize. Mol Breeding 36:4

4. Yong fu Tao et al. (2013) Identification and fine-mapping of a QTL, qMrdd1, that confers recessive resistance to maize rough dwarf disease. BMC Plant Biology

5. The phylogenetic relationships of US maize germplasm. CORRESPONDENCE

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