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SNP 基因型检测- 小麦35K 芯片检测

小麦35K SNP芯片(Axiom® Wheat Breeder Genotyping Array)是由英国布里斯托尔大学生物科学学院谷物功能基因组与Affymetrix专家合作设计的一款育种芯片。该芯片探针的选择是基于标记的遗传图谱、多样性水平以及它们在全球性优良种质中的表现,并且该芯片的有效性标记能够覆盖整个小麦基因组,是小麦育种计划中高通量筛选的理想选择。

技术特点

1、35,143 个标记分布在A、B和D基因组中,其中 35,042 个标记在 21 条小麦染色体中有物理或遗传学上的图谱映射。

A 基因组:10,819 个标记

B 基因组:12,932 个标记

D 基因组:11,291 个标记

2、所有标记都在Axiom®基因分型平台进行过测试,芯片上的标记均具有高度多态性

3、包含共显性(Codominant) SNP,确保在纯合子和杂合子之间具有明确区分

4、SNP展示出多态信息含量(PIC)分值范围

5、SNP的发现和验证是通过使用育种人员所用的一套含140种优良小麦品系来完成

6、经过测试的、代表硬质和软质品种的样本由Syngenta、KWS、RAGT和Limagrain提供

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技术流程

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项目周期

由于芯片是384制式的,需要满384样品才能起始实验,中玉金标记从收到样本到完成客户所需的分析需要一个月左右,如果客户需要定制化服务则可能需要更长的时间。

参考文献

1. LabTube interview with Gary Barker, University of Bristol

2. PAG Presentation by Gary Barker, University of Bristol

3. Allen A. M., et al. Discovery and development of exome-based, co-dominant single nucleotide polymorphism markers in hexaploid wheat (Triticum aestivum L.). Plant Biotechnology Journal 11(3):279−295 (2012).

4. http://www.cerealsdb.uk.net/cerealgenomics/CerealsDB/axiom_mapped_snps.php

5. http://www.cerealsdb.uk.net/cerealgenomics/CerealsDB/axiom_35K_search.php

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