蚕豆（Vicia faba L.）是我国重要的粮菜兼用冷季食用豆类，种植面积和产量均居世界首位。然而，由于蚕豆基因组巨大（~13 Gb），目前尚未公布参考基因组，缺乏高效、可靠的基因分型工具，严重阻碍了蚕豆的分子遗传育种研究。2021年6月，中国农业科学院作物科学研究所食用豆类种质资源创新研究组，联合青海大学、云南省农业科学院、江苏省农业科学院和美国华盛顿州立大学等国内外多家单位，利用转录组测序，开发了一款蚕豆130K液相基因芯片，为蚕豆后续基因组学及分子育种研究提供一个有力的基因分型工具。同时为无参考基因组及复杂基因组的物种在基因组学方面的研究提供了很好的借鉴和指导意义。该文章已在知名遗传育种杂志《Theoretical  and Applied Genetics》上在线发表 (https://link.springer.com/article/10.1007/s00122-021-03885-0)。中国农业科学院作物科学研究所硕士研究生王晨瑜和助理研究员刘荣为该论文的共同第一作者，宗绪晓研究员和杨涛副研究员为该论文的通讯作者。该研究得到了农业农村部“蚕豆、豌豆分子数据库构建及玉米种质鉴定”、中国农业科学院科技创新工程等项目的资助。

      中玉金标记（北京）生物技术股份有限公司承担了该研究中蚕豆130K液相基因芯片的SNP标记开发、筛选、评估以及探针设计、检测及分析的部分相关工作。

1、蚕豆130K液相捕获芯片产品设计
     102 个品种的花与叶片转录组数据，拼接 243,120 个unigene，检测到 1,579,411 个SNP。经筛选确定后，选取 130K 多态性标记进行探针设计。

转录组长度分布以及基因数据库注释

SNP位点过滤基本流程

2、产品验证
     选取不同品种共计69个样本，对产品捕获效率、标记准确性验证以及群体结构分析。捕获效率均超过 90%，Sanger验证准确性超过 95%。

捕获效率分析

Sanger准确性验证

群体结构分析

3、产品特点
     1.  多态性SNP标记密度高，质量高，稳定性好;
     2.  基于转录本设计，便于后续定位与表型相关的候选基因;
     3.  相对于重测序与转录组测序，性价比更加突出;

4、产品应用

1) 科研应用

1. 遗传图谱构建;

2. QTL定位、BSA分析;

3. 群体遗传学、群体进化;

4. 全基因组关联分析（GWAS）;

2) 育种应用

1. 分子标记辅助育种（MAS）、全基因组选择育种（GS）;

2. 品种产权保护;

3. 种子纯度和真实性鉴定;

4. 杂种优势划分，群体结构及亲缘关系分析;

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