中玉“芯”成员—玉米48K液相基因芯片
2022-10-04来源:中玉金标记
中玉金标记一直致力于建立平台型生物育种创新技术体系,为解决我国种业“卡脖子”技术提供支撑。为适应新时期玉米育种发展要求的,增强我国玉米新品种培育的自主创新能力,促进我国玉米种业发展,公司在玉米DH种质创制,玉米品种改良,分子辅助育种,全基因组选择育种等方面提供一体化,平台型分子育种服务解决方案。
玉米基因组产品线持续升级更新,继玉米580多重PCR Panel,玉米10K育种芯片,玉米56K基因芯片等产品之后,再添“芯”成员—玉米48K液相基因芯片。
玉米48K液相基因芯片产品设计芯片位点来源:
CGMB Maize 56K 基因芯片,数百份玉米全基因组重测序数据
标记探针统计:
1. 总标记探针数:47827 个
2. Gene区探针数:29028 个
芯片染色体标记分布图
产品特点及优势
1、有效标记多,质量高,稳定性好
挑选位点来源于超2万份以上国内外玉米种质材料验证,及新的代表性重测序数据;
2、适用多种玉米种质材料
标记位点包含代表温带种质材料和热带种质材料的多态性位点;
3、基因组信息完善及全新位点检出更灵活
默认参考基因组版本为玉米B73 RefGen_v4,根据检测材料灵活选择不同玉米参考基因组及版本。可发现并检出新位点信息;
4、标记分布均匀及加入玉米品种确权核心位点
均匀覆盖了玉米全基因组。同时加入品种确权核心位点;
5、性价比更加突出
以二代测序技术为基础,探针区域捕获2*150bp测序,检出位点比48K探针数量更多。
产品应用
1) 科研应用
1. 遗传图谱构建
2. QTL定位、 BSA分析
3. 群体遗传学、群体进化
4. 全基因组关联分析(GWAS)
2) 育种应用
1. 分子标记辅助育种(MAS)、全基因组选择育种(GS)
2. 品种DNA指纹鉴定、品种产权保护
3. 种子纯度和真实性鉴定
4. 杂种优势群划分,群体结构及亲缘关系分析
应用案例
1、育种公司基于玉米48K液相基因芯片,开展核心育种材料的种质资源分析,同时参考中玉金标记基因数据库中的几十份代表性玉米CK材料,进行分析后续指导育种。
2、大学科研客户基于玉米48K液相基因芯片,开展群体GWAS分析。
300多份自然群体材料,检测玉米48K液相基因芯片,用GATK进行变异检测,同时过滤得到超过280K的高质量标记。使用vcftools及进行群体标记过滤,得到超过150K的高质量多态性标记用于后续科研数据分析。
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