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660K芯片背景介绍

小麦是全球重要粮食作物,六倍体基因组结构复杂,传统分子标记密度低、分型难度大,制约精准育种与功能基因挖掘。为适配我国小麦种质资源研究、分子标记辅助育种、全基因组选择育种发展需求,中玉金标记独家代理 Axiom® Wheat660 Genotyping Array,提供一站式芯片检测与生物信息学分析服务。

小麦 660K 芯片由中国农业科学院作物科学研究所联合 Affymetrix 开发,集成超 60 万个高质量 SNP 位点,专为六倍体小麦基因组优化设计,重点强化 D 基因组标记覆盖,是小麦科研与育种领域主流高密度基因分型工具,可全面支撑遗传多样性解析、QTL 定位、GWAS 分析、品种权鉴定等研究应用。


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产品应用场景
序号应用场景核心内容价值定位
1遗传多样性与群体进化分析解析小麦种质遗传差异、亲缘关系及进化路径,构建种质资源遗传图谱助力优异种质资源挖掘与创新利用
2高密度遗传图谱构建利用芯片标记构建高精度遗传连锁图谱,支撑 QTL 初定位与精细定位夯实小麦分子育种技术基础
3夯实小麦分子育种技术基础挖掘产量、品质、抗病、抗逆等性状关联位点,解析遗传机制高效定位关键功能基因,开发育种标记
4QTL 定位与精细作图结合分离群体开展主效 QTL 定位,解析遗传效应,筛选核心候选基因为小麦分子改良提供精准基因靶点
5分子标记辅助育种 (MAS)、全基因组选择用于亲本背景筛选、前景选择、回交转育、全基因组育种值预测提升育种选择效率,缩短品种改良周期
6品种真实性与亲缘关系鉴定利用核心标记开展品种确权、纯度鉴定、侵权判定,支撑品种权保护保障种业知识产权,规范品种市场
核心优势
  • 超高位点密度,全基因组均衡覆盖

    搭载 660K 高质量 SNP 标记,超 49 万位点完成遗传定位,均匀覆盖小麦 21 条染色体;补强 D 基因组与重组热点标记,攻克多倍体小麦标记不足痛点,支撑高精度遗传解析。

  • 功能位点富集,育种靶向性突出

    22 万余个 SNP 分布于基因编码区、启动子区,覆盖 63.52% 小麦注释基因,可直接关联产量、品质、抗病抗逆等性状候选基因,快速挖掘功能基因、开发实用育种标记。

  • 专属探针优化,多倍体分型稳定精准

    专为六倍体小麦异源基因组定制探针,消除同源序列干扰;位点检出率≥95%,样本重复性佳,双亲群体稳定产出 10–20 万有效多态标记,数据水准满足学术论文发表标准。

  • 通用数据格式,兼容全流程生信分析

    分型文件完美适配 PLINK、TASSEL、GAPIT 等主流分析软件,无缝支撑遗传图谱构建、GWAS、QTL 定位、全基因组选择等全套研究流程。

  • 平台算力支撑,一站式双向分析服务

    依托中玉金标记高性能计算集群,可同步提供标准化批量解析与个性化深度定制分析,从芯片检测到数据解读全程闭环交付。

  • 本土化种质适配,贴合国内麦区育种

    标记筛选融合国内外小麦种质资源,高度匹配黄淮、北方冬麦区等国内核心育种材料,搭配本地化分析流程,高效赋能国内小麦种质创新与新品种定向改良。

技术优势
  • 平台支撑优势
    拥有芯片分型、高通量测序、KASP 分型多技术平台,数据可互通兼容;依托高性能计算集群,支撑大规模样本群体遗传分析、多维度 QTL 定位及深度生信挖掘。
  • 技术精准优势
    优化六倍体小麦专属分型算法,降低同源序列假阳性;结合 MapQTL、QTL Cartographer 等专业软件,实现 QTL 遗传效应精准解析,提升基因定位可靠性。
  • 场景适配优势
    灵活适配自然群体、双亲分离群体、RIL/DH 永久群体,兼容科研院校基础研究与种业公司规模化育种,可定制化开发育种专用分子标记。
  • 服务保障优势
    提供从样本处理、芯片杂交、扫描分型到深度数据分析的全流程服务,专业团队一对一技术对接,标准化报告 + 定制化分析结果双重交付。
  • 育种转化优势
    挖掘的功能标记可直接用于分子标记辅助育种、全基因组选择育种,缩短育种周期,降低田间试验成本,加速优质小麦新品种选育进程。
  • 数据分析优势
    自主优化生信分析管线,支持群体结构、LD 连锁分析、GWAS 关联分析、QTL 精细定位、候选基因功能注释、GO/KEGG 富集分析等全套分析,精准解析性状遗传机制。
产品技术表现
  • 660,000
    位点分布均匀

    66万SNP位点分布均匀,660K 标记均匀覆盖小麦 21 条染色体,重点补强 D 基因组,无明显缺失区域

  • ≥95%
    样本检出率

    分型稳定性高,样本检出率≥95%,重复样本分型一致性≥99%,数据重复性优异

  • >200,000
    超高多态性标记,学术认可度高

    双亲群体稳定获得 20 万+个多态性标记,满足高密度遗传分析需求;分型结果格式通用,可直接用于 SCI 期刊论文发表,已支撑大量小麦科研成果产出

相关案例
服务流程
送样提取质检
接收小麦叶片、种子、幼苗等样本,标准化流程提取高质量基因组 DNA,严格检测浓度、纯度、完整性,保障分型质量。
样本扩增纯化
对合格 DNA 样本进行全基因组线性扩增,完成片段沉淀、纯化富集,制备芯片杂交合格样品。
芯片杂交
将处理后样品与小麦 660K 芯片探针精准杂交,完成靶向标记捕获。
洗染与芯片扫描
标准化芯片洗染流程,荧光扫描仪读取位点信号,获取原始分型数据。
生信分析与报告交付
开展位点质控、基因型分型、群体结构、GWAS、QTL 定位等标准化 / 定制化分析,交付原始数据、分型文件、可视化报告及育种应用建议。
常见问题(FAQ)
1. 什么是小麦 660K 高密度固相基因分型芯片?

答: 小麦 660K 芯片是中玉金标记独家代理的六倍体小麦专用高密度基因分型工具,集成 660K 个高质量 SNP 位点,适配小麦科研与分子育种全场景应用,是国内小麦领域主流高密度芯片。

2. 芯片位点来源与优势是什么?

答: 由中国农科院作科所贾继曾课题组联合美国 Affymetrix 公司开发,位点覆盖小麦全基因组,重点补强 D 基因组标记,适配国内小麦种质,兼顾科研深度与育种实用性。

3. 芯片总位点数、有效多态性标记数量?

答: 总标记 660000 个,49 万余个完成遗传定位;双亲群体可稳定获得 20 万+个有效多态性 SNP 标记。

4. 分型准确率和检出率如何?

答: 位点检出率≥95%,样本重复性≥99%,针对六倍体小麦优化探针,有效降低同源序列干扰,分型精准稳定。

5. 数据是否支持论文发表?

答: 支持,分型格式通用,配套完整分析方法与图表,可直接用于 SCI 期刊、国内核心期刊发表,已大量科研成果验证。

6. 检测周期多久?

答: 基础分型报告标准周期 10–12 个工作日;GWAS、QTL 等深度定制分析,周期 15–20 个工作日。

7. 对送检样本有什么要求?

答: 可接收新鲜叶片、种子、干叶片样本;DNA 样本要求浓度≥20ng/μL,总量≥50μL,OD260/280=1.8–2.0,无降解。

8. 交付哪些数据和报告?

答: 交付原始荧光信号数据、标准化基因型文件(VCF/PLINK 格式)、位点质控报告;增值服务可提供群体结构、GWAS、QTL 定位、候选基因注释等定制化分析报告。

9. 适合哪些小麦研究与育种应用?

答案: 适用于遗传多样性分析、遗传图谱构建、GWAS 关联分析、QTL 精细定位、分子标记辅助育种、全基因组选择育种、品种真实性鉴定等全场景。

10. 小麦 660K 芯片和其他小麦芯片相比优势?

答: 位点密度更高、D 基因组覆盖全面、功能标记丰富、本土化适配性强;中玉金标记提供一站式服务,分析体系贴合国内育种,售后响应更快。

11. 固相芯片和液相测序分型相比有什么优势?

答: 固相芯片分型稳定、重复性好、成本可控,适合大规模样本高通量检测;数据标准化程度高,结果可重复,是小麦科研与育种的主流选择。