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全基因组重测序

全基因组重测序,针对参考基因组信息完整的物种,对不同个体开展全基因组测序分析。依托高性能计算平台与专业生物信息分析手段,可在全基因组范围内系统挖掘 SNP、InDel、SV、CNV 等各类遗传变异,精准锁定关键差异基因与优良变异位点。该技术广泛应用于群体进化分析、种质资源遗传分化研究、目标性状关联挖掘、种质基因溯源等场景,为作物遗传育种、种质资源鉴定、优异基因挖掘及品种改良提供核心数据支撑与科学依据。

中玉金标记凭借先进的测序平台、自主优化的分析流程及深厚的项目积累,专注于为玉米、小麦、水稻、柑橘等各类作物及动植物群体提供高质量的全基因组重测序服务。我们整合全基因组重测序与KASP标记分型等多种技术,可针对不同群体规模与研究目标灵活定制解决方案,精准解析基因组变异特征,突破传统重测序分辨率低、变异检测不全、周期冗长等瓶颈,为科研工作者高效开展基因组学研究与种质资源创新利用提供强力支撑。


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应用场景
序号应用场景具体功能与依据
1种质资源精准鉴定与溯源全覆盖解析种质基因组变异,构建种质基因指纹与分子身份证,厘清亲缘关系与遗传背景,杜绝品种同质化与侵权造假,实现种质资源标准化管控。
2优异功能基因挖掘批量筛查 SNP、InDel、SV、CNV 等遗传变异,快速定位抗病、抗逆、高产、优质、耐密、耐贫瘠等关键性状候选基因,为分子育种储备核心基因资源。
3群体遗传与进化分析开展作物种群结构分化、驯化起源、演化路径、遗传多样性评估,助力种质分类、核心种质筛选,为种质资源保护与高效利用提供理论支撑。
4全基因组选择育种(GS)整合全基因组变异标记构建预测模型,实现育种材料早期精准选育,缩短育种周期、降低田间筛选成本,大幅提升定向育种效率。
5性状关联分析与分子标记开发结合表型数据开展全基因组关联分析(GWAS),挖掘性状紧密连锁的遗传标记,开发特异性分子标记,服务分子辅助育种、性状定向改良。
6品种改良与定向驯化解析人工选育过程中的基因组选择信号,明晰品种改良遗传规律,指导抗虫、抗除草剂、耐盐碱等目标性状定向导入与品种迭代升级。
技术优势
  • 覆盖范围广
    全基因组范围遗传变异无死角检测,开发百万级高密度分子标记,为育种与基因组研究提供海量位点资源。
  • 准确性高
    全流程严格质控,数据质量稳定、偏差极低,真实还原样本基因组信息,保障研究结果可靠可重复。
  • 变异类型广泛
    可一次性检测 SNP、InDel、SV、CNV 等多种遗传变异,全面解析基因组水平的遗传多样性。
  • 高性价比
    变异数量多、测序通量高,检测成本更低,数据处理效率更高,大样本研究更具成本优势。
  • 周期短
    标准项目 40 + 天即可交付,具体完成时间视项目规模与分析需求而定,高效推进科研进程。
  • 专业分析能力
    针对农业基因组学场景优化的分析流程,可提供标记开发、群体分析、性状关联分析等定制化服务,一站式解决研究难题。
技术流程


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经典案例

青贮玉米中性洗涤纤维含量全基因组关联分析

中性洗涤纤维(NDF)是衡量青贮玉米纤维质量重要指标之一。以341份玉米自交系为材料,于2018年在沈阳和通辽种植并收获对其秸秆NDF含量测定。利用全基因组重测序获得高质量的6 276 612个SNPs用于全基因组关联分析,结果表明在所有染色体上共检测到69个显著SNPs位点(P1.0x10-6)在显著水平P1.0x10-8上检测到10个SNPs位点.在此基础上共找到10个和秸秆NDF关联的候选基因其编码产物生物学功能主要涉及到细胞生长发育、胁迫应答、DNA修复损伤等。

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服务流程
提取质检
高效提取样本高质量基因组 DNA,进行浓度、纯度、完整性三重严格质检,从源头保障后续测序数据的准确性和可靠性
文库构建
完成 DNA 片段化、末端修复、接头连接及 PCR 扩增等标准化步骤,构建均一性好、质量合格的高通量测序文库
高通量测序
采用 Illumina/MGI 主流测序平台进行全基因组测序,灵活支持 20K~100G 不同测序深度,满足 N≥200 大样本量批量检测需求
数据质控
对原始下机数据进行严格过滤,去除低质量序列、接头污染及 PCR 重复序列,获得干净、可用的有效测序数据
变异检测
通过标准化生信分析流程,完成 SNP、InDel 等多种遗传变异的精准检测与功能注释,提供高质量、可直接用于后续分析的变异数据集
相关案例
常见问题(FAQ)
1.什么是全基因组重测序?主要解决什么问题?

答:全基因组重测序是针对参考基因组完整的物种,利用高通量测序技术对不同个体进行全基因组测序。通过生物信息学分析,精准挖掘SNP、InDel、SV、CNV等各类遗传变异。该技术核心解决种质资源精准鉴定、功能基因挖掘、分子育种优化及群体进化机制解析等关键问题,为科研与育种提供坚实的数据支撑。

2.全基因组重测序需要多少个样品?

答:单个群体建议≥50个样品,多群体分析建议每个群体≥50个,样本量整体建议N≥200,确保分析可靠性;珍稀物种或特殊群体可协商减少样品数量,但不建议少于30个。

3.全基因组重测序可检测哪些遗传变异?

答:可一次性检测SNP、InDel、SV、CNV 等多种遗传变异,全面覆盖基因组所有区域,满足不同研究场景的变异检测需求。

4.没有参考基因组可以做全基因组重测序吗?

答:不可以。重测序必须依赖高质量的参考基因组进行序列比对和变异识别。若目标物种尚无参考基因组,建议先开展全基因组从头测序构建参考序列,奠定后续分析基础。

5.测序深度如何选择?

答:根据研究需求调整:基础变异检测≥10×,稀有变异检测≥30×,GWAS分析≥15×。实际所需深度还受基因组大小、重复序列比例、测序平台等因素影响。中玉金标记可根据用户预算与研究目标,提供个性化测序深度建议。

6.分析结果可以直接用于论文发表吗?

答:可以,中玉金标记全基因组重测序的分析结果完全符合国际学术期刊的发表标准,可直接用于论文发表。

7.项目周期可以缩短吗?

答:标准周期约40个工作日,若群体规模小(50-100个)、测序深度适中、分析需求简单,可与技术团队沟通,在保证分析质量的前提下适当缩短周期,最快可缩短至30个工作日。