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MicroBiome芯片

微生物组分析芯片(Microbiome Array),由 Affymetrix 与劳伦斯利福摩尔国家实验室(Lawrence Livermore National Laboratory)合作开发,利用简单易用的软件在可扩展的平台上实现菌种和菌株水平的检测。

利用 Axiom Assay 生物化学技术,基于NCBI 数据库序列数据分析科保守区域和靶标特异性区域的非多态性序列,可检出 11,000 多种微生物,包括古生菌、细菌、真菌、原生动物和病毒,在单次试验即可检出样品中的所有已知微生物。

Axiom® Microbiome Array芯片内容对样品类型没有限制,适用于营养基因组学、农业基因组学和动物研究与建模。


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技术特点

1.芯片中含有针对 11,000多种微生物而设计的探针;

2.全面覆盖五大微生物群体:古生菌、细菌、真菌、原生动物和病毒;

3.可实现菌种和菌株水平的检测; RNA 病毒检测使用cDNA作为模板;

4.可扩展的平台,配合简单易用的分析软件;

5.芯片板有 24 和 96 两种规格可以选择;


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技术流程

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技术应用

1.营养基因组学研究(包括微生物群落对营养和饮食健康的影响)

A.探索人类肠道微生物群与疾病状态(例如,溃疡性结肠炎、肠道炎症和心血管疾病)之间的关联

B.对益生菌和益生元混合物进行高分辨率分析,来分析它们对人类肠道菌群的影响

2.农业基因组学

A.通过评估动物肠道微生物群落优化投喂

B.评估微生物群落对土壤生产力的影响

C.家畜健康状态检查

3.动物研究与建模

A.通过微生物分析检测病原体

B.动物园筛查(环境监测和动物菌落健康状态监测)

C.疾病预防

D.微生物状态和疗效评估

项目周期

芯片有 2496 两种制式可选,中玉金标记从收到样本到完成客户所需的分析需要一个月左右,如果客户需要定制化服务则可能需要更长的时间。

参考文献

1. Khalil N. A., et al. In vitro batch cultures of gut microbiota from healthy and ulcerative colitis (UC) subjects suggest that sulphate-reducing bacteria levels are raised in UC and by a protein-rich diet. International Journal of Food Sciences and Nutrition 65(1):79–88 (2014).

2. Rath H. C., et al. Normal luminal bacteria, especially Bacteroides species, mediate chronic colitis, gastritis, and arthritis in HLA-B27/human ß2 microglobulin transgenic rats. The Journal of Clinical Investigation 98:945–953 (1996).

3. Tuohy K. M., et al. ‘The way to a man’s heart is through his gut microbiota’–dietary pro- and prebiotics for the management of cardiovascular risk. The Proceedings of the Nutrition Society 73(2):172–185 (2014).

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