全基因组关联分析（GWAS）在全基因组范围内挖掘与目标性状相关联的分子标记。

显著标记可以作为候选位点进行精细定位、功能验证，或者用于分子辅助育种。GWAS一般使用自然群体，也可以使用育种过程中积累的数据。

从DNA样品到最终数据获得，样品检测、建库、测序每一个环节都会对数据质量和数量产生影响，而数据质量又会直接影响后续信息分析的结果。为了从源头上保证测序数据的准确性、可靠性，中玉金标记对样品检测、建库、测序每一个生产步骤都严格把控，从根本上确保了高质量数据的产出。检测合格的DNA样品通过酶切、随机打断，经末端修复、加A尾、加测序接头、纯化、PCR扩增等步骤完成整个文库制备。构建好的文库通过Illumina（测序仪）进行测序。

建库测序流程

检验合格的DNA样品通过酶切和Covaris破碎机随机打断。采用TruSeq Library Construction Kit 进行建库，严格使用说明书推荐的试剂和耗材。DNA片段经末端修复、加ployA尾、加测序接头、纯化、PCR扩增等步骤完成整个文库制备。构建好的文库通过illuminaHiSeq进行测序。

建库测序流程

全基因组关联分析的主要步骤如下：

1、对下机得到的Raw data进行质控得到Clean data; 

2、将Clean data比对到参考基因组上；

3、根据比对结果，进行SNP检测和注释；

4、群体分层分析；

5、连锁不平衡分析；

6、全基因组关联分析；

7、单体型图谱构建。

全基因组关联分析流程图