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结合PacBio SMRT长读长测序和BioNano光学图谱对复活草基因组进行从头组装
复活草(Oropetium thomaeum) 是一种高度耐旱的禾本科植物,在遭受极端干旱后获得水分可以再度生长。本研究采用PacBio SMRT 技术对复活草基因组进行了72X 深度测序,组装为625 个contig,覆盖了99% 的基因组(245Mb 中的244Mb),N50 达到2.4Mb,组装精度达到99.99995%,包括了端粒和着丝粒序列、长末端重复序列、反转录转座子、串联重复基因,和其他难于组装的基因组元件。研究人员进一步结合由200X 的BioNano 光学图谱数据构建的基因组物理图谱,将上述contig 进一步组装为scaffold,共得到46 个主要scaffold 覆盖了94% 的组装结果,N50 达7.8Mb,获得了完整的基因组草图。
Robert VanBuren, Doug Bryant et al. (2015), Single-molecule sequencing of the desiccation-tolerant grass oropentium thomaeum. Nature, 527:508-511