Successful case
成功案例
首页 > 成功案例
PacBio SMRT 全长转录组测序揭示玉米转录组复杂性
本研究利用PacBio SMRT 全长转录组测序技术,对来源于玉米自交系B73 的六种组织(根、花粉、胚、胚乳、幼穗和幼雄穗)进行转录组测序。分析结果鉴定出111,151 个独特的可变剪切体,对应约27,000 个基因,该数量几乎是目前参考转录本数目的两倍。去除转座子后,研究人员将剩余的可变剪切体和玉米参考基因组进行了比较,结果表明,3% 的剪切体为来自新基因的新转录本,57% 的剪切体是至少与参考基因组注释基因共享一个剪切位点的新异构体。通过与二代高通量测序数据比较发现,在PacBio 数据中,平均86% 的剪接点都有短读长数据的支持。
Bo Wang, elizabeth tseng et al. (2016). Unveiling the complexity of the maize transcriptome by single-molecule long-read sequencing. Nature Communications, 7:11708.